市总工会机关内设9个职能科室。
1、办公室
      负责综合协调市总工会机关、直属单位及各产业工会工作；调查研究工人运动和工会工作中的重要理论政策课题；督查市总工会部署工作的落实情况；承担市总工会重要会议和重大活动的组织协调工作；协助市总工会领导处理日常工作；负责市总工会 文秘、档案、保密、机要等工作；负责机关退休人员管理、服务工作；负责全市工会统计工作。
2、组织部
      贯彻落实省、市委干部人事政策和省总关于工会组织制度的有关规定；指导基层工会的组织发展、建设和委员会籍管理工作；协助县区委、市直有关部门（单位）党组织管理下一级工会领导班子；负责机关的干部、人事管理和工会干部的教育培训工作；指导基层职工代表大会制度建设工作；指导职工的民主选举、民主决策、民主管理、民主监督和厂务公开工作；推动公司制企业建立职工董事、职工监事制度；负责基层工会建设职工之家活动和优秀工会干部、模范职工之家的评选表彰工作；研究和指导工会自身的改革和建设。
3、宣传教育部
      负责工会的宣传教育工作，制定工会工作宣传教育规划；参与有关职工思想、教育、文体工作方针、政策的制定；调查研究和反映职工的思想状况，有针对性的进行宣传教育；负责全市工会的到宣传报道工作，指导做好工会报刊的发行工作；负责市总工会重大文体活动的协调安排；负责全市职业道德建设"双十佳"和"创建学习型组织，争做知识型职工"活动评选的日常协调与管理。
4、生产保障部
      参与市有关劳动安全卫生和劳动就业、收入分配以及社会保障等方面规范性文件的制定；监督劳动保护法律、法规的实施；指导全市职工疗养事业的发展；指导和组织实施送温暖工程，维护特困职工和困难职工群体的合法权益；积极促进下岗职工再就业；组织参加市级建设项目劳动安全设施的审查验收；参加职工重大伤亡事故和危害职工重大事件的调查处理；指导各级工会参与职工劳动安全卫生的培训和教育工作；负责参与和指导群众性经济技术创新工程；承担全国、省、市劳模和"五一"劳动奖章（奖状）获得者以及省"富民兴鲁"劳动奖章（奖状）获得者的 推荐、评选、表彰、管理等工作；承担市劳动竞赛委员会办公室和市劳模协会的日常工作，配合行政抓好班组建设。
5、法律工作部
      负责参与涉及全市职工和工会的立法工作；负责做好职工技术协作工作。参与重大劳动争议案件的调查处理；指导和承担工会法律帮助与法律服务工作，以及基层工会法人资格的认定、登记；配合有关部门开展普法宣传教育；研究提出工会开展平等协商、签订集体合同的指导意见，指导下级工会加强对集体合同的管理和履行情况的监督，参与建立工资集体协商、劳动关系三方协调机制工作；负责接待和处理职工来信来访。
6、民主管理部